Godny podziwu może wydawać się fakt zaangażowania w budowę całego miasta i okolicy, czy to w formie datków pieniężnych czy bezpośrednio przy pracach budowlanych. Zatrudniano nawet skazanych, jako pokutę w ramach kar kościelnych, rzecz jasna za darmo. Jeszcze kilka lat później trwały prace przy wykończeniu wystroju świątyni. W efekcie powstał niezwykle piękny barokowy kościół o bardzo harmonijnym wnętrzu. Delikatne freski grisaille i te barwne, przedstawiające namalowane dzieje świętych Mikołaja i Franciszka Ksawerego, doskonale się komponują z ołtarzami i pozostałym wyposażeniem.
Jaka płaca…
W tej niezwykle jasnej, słusznie określanej perłą baroku świątyni znajdują się dwa ołtarze, które mogą być ilustracją znanego porzekadła ”Jaka płaca taka praca.”
To dwa znajdujące się w bocznych kaplicach ołtarze wykonane przez Jana Weissa. Jego dziełem są także pięknie ozdobione stalle, loża biskupia oraz ambona. Właśnie porównując ambonę i oba ołtarze widać ogromną różnicę. Ponieważ koszt budowy był ogromny, przy wyposażaniu wnętrza widać pewne oszczędności.
Natomiast w ołtarzu Pasji i drugim Maryjnym widać cały kunszt niczym nie skrępowanego artysty.
Ekspresja ołtarza
Oba ołtarze powstały z osobistej fundacji cesarzowej Eleonory, siostry księcia biskupa. W ołtarzu Pasji krew wylewającą się strumieniem z ran ukrzyżowanego Chrystusa zbierają do kielichów aniołowie. Symbolikę Eucharystii podkreślają jeszcze narzędzia jego męki czyli Arma Christi. U stóp Chrystusa klęczy Maria Magdalena, nawrócona jawnogrzesznica będąca jakby pomostem między dającym odkupienie grzechów Jezusem, a wyciągającymi błagalnie ręce z płomieni ognia duszami czyśćcowymi. Ich twarze wyrażają ból oraz nadzieję odkupienia grzechów. Ten pełen ekspresji ołtarz zapada w pamięć na długo.
Najcenniejszy skarb
Mniej dramatyczny ale równie piękny, o bogatej ornamentyce jest ołtarz Maryjny. Wyłaniające się spośród bujnych liści akantu aniołowie otaczają szafkę tworzącą jakby ramę dla znajdującej się wewnątrz figury Matki Bożej z Dzieciątkiem.
Ta późnogotycka rzeźba z około 1500 roku jest jednym z najcenniejszych skarbów otmuchowskiego kościoła. Eleonora żona cesarza Leopolda, wsparła dzieło swego brata jeszcze jednym cennym datkiem. Z ofiarowanego przez nią kruszcu została wykonana srebrna nisza na tabernakulum przez pochodzącego z Augsburga złotnika Jana Zeckela w I ćwierci XVIII wieku. Również i ona nawiązuje do tajemnicy Eucharysti. Uważnie się przyglądając, zobaczymy w bogato zdobionym obramieniu wśród liści akantu i winnego grona, aniołki z Arma Christi. Znajdująca się w zwieńczeniu chusta świętej Weroniki, symbolu dobrego uczynku jest przeciwieństwem personifikacji pięciu zmysłów które mogą prowadzić do grzechu. Właśnie tu, to symboliczne przedstawienie męki Jezusa poprzez jego Arma Christi określanej jako Broń Chrystusa w walce z grzechem jest doskonałym tłem do ukrytego wewnątrz tabernakulum Żywego Boga. Warto wiedzieć, że sama muszla tworząca niszę symbolizuje Eucharystię jako sakrament i środek do przejścia ku zbawieniu.